HTML5では標準機能としてビデオ再生ができます。
使用できる映像のコーデックはブラウザやPCの環境に依存する部分があり、どんな形式でも再生されるというものではありません。
一般的に使用されるようになったmp4は権利の問題でChromeやFirefoxでは使用できませんので、WebMが使用されます。
Youtubeでも正式にサポートされているWebM形式であればこれからの環境で再生される可能性が高いと思います。
ところが、WebMについては有効なエンコーダがまだ充分揃っていない印象です（2015/05現在）。
TMPGEncの最新版である「TMPGEnc Video Mastering Works 6」
http://tmpgenc.pegasys-inc.com/ja/product/tvmw6.html
は、webm、oggの双方ともサポートしており、画質も定評がありますので、お勧めです。
Adobe CCには標準でWebM,oggの出力がないのですが、プラグインで対応できるようになっています。
（作者様に感謝）
webM： https://github.com/fnordware/AdobeWebM#download
Ogg : https://github.com/fnordware/AdobeOgg#download
変換の設定ですが、大雑把に言うと下記にように設定することが多いです（私の場合）
エンコード形式：WebM
解像度：1280✕720pixcel
フレームレート：29.97fps
ビットレート：850k～1,200kbps
